[1]冯立芹,李 宏.真核模式生物蛋白质数据库统计规律研究[J].中国医学物理学杂志,2014,31(06):5318-5321.[doi:10.3969/j.issn.1005-202X.2014.06.022]
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真核模式生物蛋白质数据库统计规律研究()
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《中国医学物理学杂志》[ISSN:1005-202X/CN:44-1351/R]

卷:
31卷
期数:
2014年06期
页码:
5318-5321
栏目:
出版日期:
2014-12-31

文章信息/Info

作者:
冯立芹; 李 宏
内蒙古民族大学物理与电子信息学院;内蒙古大学物理科学与技术学院;
关键词:
真核生物; 数据库; 频率分布
分类号:
Q61
DOI:
10.3969/j.issn.1005-202X.2014.06.022
文献标志码:
A
摘要:
目的:根据NCBI Refseq基因集的蛋白质序列数据,构建包含11种真核模式生物在内的基因、蛋白质信息数据库(EPD),探讨各种模式生物的蛋白质序列长度频率分布,并以此来探讨在生物进化过程中,蛋白质序列长度的变化趋势。方法:通过计算机编程软件提取不同种类生物基因总数、有实验数据支撑的蛋白质序列(标记为NP_的序列)数、理论预测的蛋白质序列(标记为XP_的序列)数等相关信息进行统计。结果:对该数据库数据统计规律的研究表明:数据库共有347042个基因,469887个蛋白质,平均每个基因可翻译有1.35个蛋白质;蛋白质序列长度为300~350个氨基酸的最多;长度小于100个氨基酸和大于2500个氨基酸的蛋白质序列很少。结论:模式生物蛋白质序列长度频率分布具有一定规律性;人和爪蛙的蛋白质长度频率分布曲线形状最相似;从蛋白质长度频率分布曲线的靠近程度上看,人与小鼠更接近;生物偏好使用中等长度的蛋白质序列。

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备注/Memo

备注/Memo:
国家自然科学基金项目(11362015); 内蒙古民族大学科科研项目(NMD1220); 内蒙古民族大学研创新团队建设计划资助课题
更新日期/Last Update: 2014-11-10